Wiele wskazuje na to, że produkty ekologiczne są dobrym wyborem z punktu widzenia zdrowia. Na przykład Federalna Agencja Środowiska (UBA) podkreśla, że produkty te zawierają stosunkowo niewiele pestycydów. Co więcej: "Ponieważ zawierają mniej wody, organiczne jabłka, ziemniaki i tym podobne zawierają więcej składników odżywczych. Mają również tendencję do dostarczania większej ilości witaminy C i są znacznie bogatsze w wtórne substancje roślinne (przeciwutleniacze), które chronią przed rakiem i chorobami układu krążenia".
Wiele badań prowadzi jednak do odmiennych wniosków. Na przykład badanie przeprowadzone przez Uniwersytet Stanforda nie znalazło wyraźnych dowodów na to, że żywność ekologiczna jest bardziej odżywcza lub stanowi mniejsze zagrożenie dla zdrowia. Magazyn naukowy "Quarks": uważa, że zrównoważona dieta jest ostatecznie decydująca: "Ogólnie rzecz biorąc, dieta z dużą ilością owoców i warzyw jest lepsza dla zdrowia niż poleganie wyłącznie na produktach ekologicznych. Nawiasem mówiąc, zamiast martwić się o pozostałości pestycydów w żywności, należy skupić się na bakteriach i grzybach: Produkty organiczne są na nie tak samo podatne, jak żywność konwencjonalna".